Ja - tyvärr är det så, eftersom den stora versionen innehåller mycket mer funktioner.
https://www.steinberg.net/en/support/knowledgebase_new/free_articles/kb_show/compatibility-and-interchangeability-of-project-files/kb_back/2020.html
Vad du kan göra för att lösa det, är att spara mididata som midifiler och se till att alla audiofiler startar på 0 (genom att exportera varje audiospår med start från 0), så att de sedan går att importera i ett nytt projekt utan att få en massa fel i tid. Batch export av flera spår samtidigt kom i 5:an, så det har man tyvärr inte i SX3.