Spontant låter det som du har rundgångsproblem. Kolla så att signalen från spåret inte skickas till samma buss i ljuddkortet som gitarren.
Okej, hur ser jag det? Det jag gjorde var att jag gick in i VST connections i cubase och lade till åtta mono spår. Amplitube lade jag på Mono in 1 så att det jag spelade in landade med distad gitarr direkt på spåret, alltså jag har jag inte amplitube på spåret utan jag spelar in med amplitube.. om du förstår hehe...
Har du testat med gitarr utan amplitube? Fungerar det utan detta problem?
Vilket sequenserprogram? Sitter amplitube alltid som insert eller är den på send-sidan?
Dumma frågor?
Använder Cubase 5.0, Den sitter som en insert... Send sidan vet jag inte riktigt vad du menar men har gjort som jag skrev ovan!

Jag kör Guitar Rig 4 och råkade ut för något liknande med ett par presets. Det visade sig att det låg en mycket låg signal mellan mixern och ljudkortet som orsakade rundgång i GR4an. Andra presets fungerade alldeles utmärkt men lite mer rockiga där det tycktes ligga någon intern feedback för det rockiga ljudet, fick "spunk". Kolla kablarna alt jorden så att du inte har något som ligger på, tyst utan att det märks.
Det är inte bara på någon preset utan snarare när man drar upp gainen på en "stärkare" där så dyker problemet upp, man kan höra lite lite när gainen inte är uppe, så när man kör på en clean channel är det lite statiskt oljud..
Provade med två gitarrer och två olika kablar, samma problem med båda. Hur kollar jag jorden?
Jag hade samma problem några gånger med mitt gamla ljudkort (en vanlig fast track) men det kortet var så mycket mindre och jag hade den alltid på olika ställen runt om på skrivbordet..
I kontroll panelen för ljudkortet kan man kryssa i "Asio direct monotoring", är det något man kanske skall kryssa i?