Har du något annat inkopplat, så kan det kanske vara så, att USB-power kortsluts när Windows drar igång och försöker aktivera alla enheter - men du har kanske redan testat att koppla bort allting...?
Googlade och hittade något som kanske kan vara värt att kolla upp: http://www.computing.net/answers/security/virus-turns-off-all-usb-ports/21998.html
http://community.norton.com/t5/Other-Norton-Products/virus-that-disables-usb-ports/td-p/18515