Det går med Windows egna multimediadrivrutiner att köra två ljudkort i samma applikation. Dessa ger dock en obarmhärtigt stor latens. Med tillverkarspecifika drivrutiner (exempelvis ASIO) går det inte att använda två olika ljudkort tillika i samma applikation.
Din fråga, huruvida det kan köras olika ljudkort i olika program är intressant. I princip är det nog helt möjligt, så vitt du kan välja dessa i applikationerna. Genom Windows control panel går det INTE. Om applikationerna använder sig av windows inställningar går det alltså inte, men om det går att konfigurera drivrutinerna i själva applikationen går det.
(YMMV dock, olika konflikter i hårdvaran kan förstås uppstå med olika tillverkare och olika program etc .etc., omöjligt att förutse.)