OK, då talar vi samma språk, eller lite ditåt. Är du säker på att de USB-portarna du har i datorn verkligen är en grupp, och inte separata? Kolla i device manager - som exempal kan jag säga att min bärbara visar upp 5 stycken sk. 'root hubs', vilka alltså alla då är separata.
USB borde klara av tunga grejer. Men, borde är ju en sak och praktik en annan.
Jag skulle helt enkelt systematisk testa igenom en matris i vilken skulle ingå att testa på en annan dator, testa med andra controllers, testa att koppla dom i olika portar etc. etc.