Det finns separata trådar i kabeln för run, continue och clock, så det handlar säkert om att ditt interface omvandlar det när det finns klocka eller inte, typ - så att när Cubase stoppas, så blir förmodligen "run" inaktiv och när man fortsätter från samma ställe så skickas troligen en continue-puls och "run" aktiveras igen.
Annars kan det kanske styras av midimeddelandena clock, start, continue och stop, som nämns i den lilla texten jag länkar till nedan - men eftersom det är gamla prylar så tror jag inte att det går automatiskt, utan att man i så fall antagligen får ge sådana kommandon med sysex-meddelanden.
Rena gissningar här från min sida, men tidssynk var inte uppfunnet på den tiden, så synten kan inte ta emot tidsangivelsen i tidskoder som MTC eller SMPTE - och det är därför du måste starta från början varje gång.
http://www.philrees.co.uk/products/sync-if.htm
